Ngày 9/4/2001, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã có Quyết định 38/2001/QĐ-BNN-TCCB thành lập Ban quản lý quy hoạch lưu vực sông Đồng Nai. Ban Quản lý quy hoạch lưu vực sông Đồng Nai có Văn phòng đặt tại Phân viện Khảo sát quy hoạch Thuỷ lợi Nam Bộ là cơ quan sự nghiệp thực hiện các nhiệm vụ cụ thể quy định tại điều 1 quyết định này. Phân viện trưởng Phân viện Khảo sát quy hoạch Thuỷ lợi Nam Bộ kiêm Chánh Văn phòng Ban Quản lý quy hoạch lưu vực sông Đồng Nai. Văn phòng Ban Quản lý quy hoạch lưu vực sông Đồng Nai được sử dụng con dấu riêng theo khuôn mẫu quy định. Biên chế của Văn phòng Ban Quản lý quy hoạch lưu vực sông Đồng Nai tính trong biên chế của Phân viện Khảo sát quy hoạch Thuỷ lợi Nam Bộ (Nay là Viện Quy hoạch Thủy lợi Miền Nam). Kinh phí hoạt động của Ban Quản lý quy hoạch lưu vực sông Đồng Nai và của Văn phòng bố trí trong kinh phí hàng năm của Phân viện Khảo sát quy hoạch Thuỷ lợi Nam Bộ.
Chi tiết Quyết đinh 38/2001/QĐ-BNN-TCCB ngày 9 tháng 4 năm 2001.